Lambang Institut Ilmu al-Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta adalah lingkaran yang di dalamnya terdapat kitab terbuka dan di atasnya terdapat kubah. Bagian atas tertulis Institut Ilmu al-Qur’an. Untuk bagian bawah terdapat pita yang bertuliskan IIQ AN NUR yang semuanya terangkum dalam bingkai segi lima.
Lambang tersebut memiliki arti :
Lingkaran putih : menandakan kebulatan tekad untuk mewujudkan cita-cita untuk melahirkan generasi bangsa yang berjiwa Qur’ani.
Kitab terbuka diatas rekal, artinya : kemauan dan tekad untuk selalu mengadakan peningkatan dan memperdalam al-Qur’an serta pengetahuan dalam melaksanakan seruan iqro’
Kubah, artinya : kemauan dan tekad untuk menegakkan panji-panji agama Islam.
Tulisan Institut Ilmu al-Qur’an An Nur merupakan nama resmi Perguruan Tinggi.
Segi lima, melambangkan dasar negara pancasila, artinya bahwa IIQ An Nur bercita-cita mencetak kader bangsa yang memiliki wawasan kebangsaan, serta mencetak kader bangsa yang mempunyai semangat beriman, berilmu, beramal, berakhlaq, berikhlas.
Arti Warna :
| 1. WARNA HIJAU : | Subur |
| 2. WARNA KUNING : | Kemenangan |
| 3. WARNA PUTIH : | Suci |
| 4. WARNA HITAM : | Keuletan |